隨著此次深穗“水上巴士”開通，機場碼頭水上客運航線可通達香港、澳門、廣州、珠海、中山等大灣區5座城市，日航班量共計60班，包括香港機場航線（每天8班，航程約45分鐘）、澳門航線（每天16班，航程約70分鐘）、中山航線（每天14班，航程約45分鐘）、珠海航線（每天16班，航程約60分鐘）和廣州航線（每天6班，航程約35分鐘）。
